CulsTAL X是CulsSTW多序列比對程序的Windows接口。它提供了用于執行多個序列和輪廓對齊和分析結果的集成環境。序列對齊顯示在屏幕上的窗口中。一個多用途的著色方案已經納入，允許您突出對齊中的保守特征。窗口頂部的下拉菜單允許您選擇傳統多序列和配置文件對齊所需的所有選項。

您可以剪切和粘貼序列以改變對齊的順序；您可以選擇要對齊的序列的子集；您可以選擇要重新對齊的對齊的子范圍并將其插入到原始對齊中。

可以進行對準質量分析，并且可以突出顯示低評分段或例外殘差。

ClustalX可用于多種不同的平臺，包括：SUN Solaris、硅圖形上的IRIX5.3、DECStations上的數字UNIX、PC上的Microsoft Windows（32位）、x86 PC上的Linux ELF和Macintosh PowerMac。（請參閱安裝說明的自述文件）。

序列輸入

使用文件菜單輸入序列和配置文件（預先存在的對齊項）。無效的選項將被禁用。所有的序列必須包含在1個文件中。自動識別7種格式：NBRF/PIR、EMBL/SWISSPROT、Pearson(Fasta)、Clustal(*.aln)、GCG/MSF(Pileup)、GCG9 RSF和GDE平面文件。除了“-”之外，所有非字母字符（空格、數字、標點符號）都被忽略，而“-”用于指示MSF/RSF中的GAP（“.”）。

序列/輪廓比對

群集X有兩種模式，可以使用直接在序列顯示上方的開關來選擇：多重對齊模式和輪廓對齊模式。

要對一組序列進行多重對齊，請確保選擇多個對齊模式。然后顯示單個序列數據區域。然后，ALIGNMENT菜單允許您為對齊生成一個引導樹，或者按照該引導樹執行多次對齊，或者執行一次完整的多次對齊。

在輪廓對齊模式中，顯示兩個序列數據區域，允許您對齊2個對齊（稱為配置文件）。配置文件也被用來添加一個新的序列到舊的對準，或使用二級結構來引導對準過程。使用“--”字符指示舊排列中的間隙。可以以任何允許的格式輸入配置文件；只為每個間隙位置使用“-”（或）“MSF/RSF”。在配置文件對齊模式下，將顯示“鎖定滾動”按鈕，該按鈕允許您使用單個滾動條將兩個配置文件一起滾動。當鎖卷關閉時，兩個配置文件可以獨立滾動。

系統發生樹

系統發生樹可以從舊對齊（用“-”字符讀入以指示間隙）或在多次對齊之后計算，而對齊仍然顯示。

對齊顯示

對齊方式在屏幕上顯示，左側有序列名稱。序列比對僅用于顯示，不能在此編輯（除了通過剪切和粘貼序列名來更改序列順序之外）。

標尺顯示在序列的下面，從第一個剩余位置的1開始（忽略序列輸入文件中的剩余編號）。

對準上方的線用于標記強保守位置。使用三個字符（‘*’，‘：’和‘.'’）：

“*”表示具有單個、完全保守的殘基的位置。

“：”表示下列“強”組中的一個是完全保守的：
STA
NEQK
NHQK
NDEQ
QHRK
米爾夫
我愛熟女
HY
FYW

“”表示下列“弱”組中的一個是完全保守的：
環孢素A
沙灘車
凹陷
斯坦尼克
STPA
SGND
SNDEQK
NDEQHK
尼克爾克
FVLIM
HFY

這些都是在GunNET-PAM250矩陣中發生的積極評分組。強弱組定義為強分＞0.5，弱分＝＜0.5。

對于配置文件對齊，如果在配置文件輸入文件中找到任何數據，則二級結構和間隙懲罰掩碼顯示在序列上方。

文件信息

文件大小：485376 字節
MD5：1FDF49B37739B19AC67C618CB13A3F31
SHA1：1231C2846F5C9A3E0BCA8B01252586A39076FB68
CRC32：7A3D4EDD

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